Премьер-министр Кыргызстана Мухаммедкалый Абылгазиев распорядился поставить на должность главы Национального института стратегических исследований Эмильбека Каптагаева.
Долгое время бывший чиновник был не у дел. После апрельских событий его назначили руководителем аппарата Временного правительства. С 2013 по 2016 годы работал губернатором Иссык-Кульской области.
Во время митинга в Караколе в бытность Каптагаева полпредом правительства чиновника взяли в заложники и чуть было не подожгли машину, где его удерживали. Тогда по этому делу арестовали и осудили на 11,5 лет депутата парламента Садыра Жапарова.